CONFIGURACION CODEIGNITER EN NGINX

Tengo una misma aplicacion en codeigniter. Esta misma aplicacion tiene un codigo comun realizado en codeigniter y luego se distribuye en subdirectorios cada unos de los cuales tiene una configuracion, pero todos tiran del mismo codigo comun. El problema que tengo es que la aplicacion antes corria en apache y todo funciona correctamente mediante el .htaccess Ahora estoy migrando la aplicacion a nginx y funcion todo bien si ponemos el [login to view URL] (p.ej. [login to view URL]) pero si lo quito no funciona. He probrado varias configuraciones en nginx pero ninguna me resuelve el problema. Necesitaria alguien con conocimientos de nginx para ver si me aplica una configuracion correcta para poder hacer funcionar la aplicacion sin el index.php. La estructura que tengo de directorios es: el root del proyecto esta en /home_datos/fisiotes/domains/[login to view URL] los subdirectorios son: /cuadromandos/ --> codigo comun para todas las aplicacion (codeigniter, pero solo para codigo, controladores, etc..) /farmaciacm/ --> una aplicacion (aqui si hay un [login to view URL]) /farmaciacm1/ --> otra aplicacion (aqui si hay un [login to view URL]) En el root no hay nada de codigo, todo esta en subdirectorios. Un saludo.