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Erfahrung
Managing Director, Co-Founder
Apr. 2011 - Aktuell
Dr. Avinash Mishra has strong scientific knowledge in the area of life science. He worked in this field with total experience of 5+ years. This gave him a scientific temperament to handle problems. He eventually started his own company (Novo Informatics Pvt Ltd) . Setting a startup exposed him to all the problem one can face in starting and running a company. His role is the company is versatile and he deals from client management to R&D development.
Ausbildung
PhD
(5 Jahre)
Veröffentlichungen
Universalities in Protein Tertiary Structures: Some New Concepts
Biomolecular Forms and Functions, 2013
NA
Bhageerath-H: A homology ab initio hybrid server for predicting tertiary structures
BMC Bioinformatics
Bhageerath-H web-server was validated on 75 CASP10 targets which showed TM-scores ≥0.5 in 91% of the cases and Cα RMSDs ≤5Å from the native in 58% of the targets, which is well above the CASP10 water mark. Comparison with some leading servers demonstrated the uniqueness of the hybrid methodology in effectively sampling conformational space, scoring best decoys and refining low resolution models to high and medium resolution.
Capturing Native/Native like Structures with a Physico-Chemical Metric (pcSM) in Protein Folding
BBA Protein & Proteomics
Here we develop a scoring function called pcSM that detects true native structure in the top 5 with 93% accuracy from an ensemble of candidate structures. If we eliminate the native from ensemble of decoys then pcSM is able to capture near native structure (RMSD < = 5 Ǻ) in top 10 with 86% accuracy.
D2N: Distance to the native
BBA Protein & Proteomics
The development of PSPAs to obtain 0 Å RMSD from native structures is considered central to computational biology. However, till date it has been quite challenging to measure how far a predicted protein structure is from its native — in the absence of a known experimental/native structure. In this work, we report the development of a metric “D2N” (distance to the native) — that predicts the “RMSD” of any structure without actually knowing the native structure.
ProTSAV: A Protein Tertiary Structure Analysis and Validation Server
BBA Protein & Proteomics
ProTSAV is a meta-server, which has a collection of model quality assessment programs that evaluate the quality of a protein and correctness of the structural model. It predicts a global quality score for submitted input structure. This global quality score is derived from the quality assessment of different validation tools (modules) selected by user. Thus, ProtSAV furnishes better insights of input protein structure to the user with its global quality assessment score .
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